1. Το ΠΕΣΥ εξειδικεύει και εφαρμόζει τις αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου, εποπτεύει, παρακολουθεί και ελέγχει την κινητή και ακίνητη περιουσία και αντιμετωπίζει τα άμεσα προβλήματα που ανακύπτουν στην περιοχή δικαιοδοσίας του. Παρακολουθεί και συντονίζει το έργο των μονάδων που λειτουργούν στην περιοχή του σε θέματα κοινών δράσεων και φροντίζει για τη βέλτιστη αξιοποίηση των υπηρετούντων υπαλλήλων, λαμβάνοντας υπόψη τις αυξημένες ανάγκες και τις ιδιαιτερότητες στους τομείς έρευνας, εκπαίδευσης, κατάρτισης καθώς και πιστοποίησης και ελέγχου αγροτικών προϊόντων, τροφίμων και υπηρεσιών.
2. Διαπιστώνει τις ανάγκες των αγροτών, των αγροτικών επιχειρήσεων και εν γένει της αγροτικής οικονομίας της περιοχής δικαιοδοσίας του και προτείνει στο Διοικητικό Συμβούλιο μέτρα οργάνωσης, βελτίωσης και αναβάθμισης για την ποιότητα των αγροτικών προϊόντων και τη βελτίωση της αποδοτικότητας της αγροτικής παραγωγής. Συμβάλλει στην κατάρτιση του τετραετούς επιχειρησιακού σχεδίου του Οργανισμού.
3. Το ΔΣ του Οργανισμού καθορίζει τις αρμοδιότητες που ασκούν στις Περιφερειακές Ενότητες τα οικεία ΠΕΣΥ, καθώς και κάθε άλλο θέμα σχετικό με τη λειτουργία τους που δεν ρυθμίζεται από τον παρόντα νόμο. Το ΠΕΣΥ αποτελείται από πέντε (5) μέλη, τα οποία ορίζονται μαζί με τους αναπληρωτές τους από το Διοικητικό Συμβούλιο του Οργανισμού, με κριτήρια που αυτό καθορίζει, από τους υπηρετούντες Προϊσταμένους των οργανικών μονάδων δικαιοδοσίας της περιφερειακής ενότητας, με τους αναπληρωτές τους, ένας από κάθε τομέα δραστηριότητας του Οργανισμού, Έρευνα, Εκπαίδευση, Πιστοποίηση- Έλεγχοι, Διοικητικό- Οικονομικό. Ο Πρόεδρος του Συμβουλίου και ο αναπληρωτής του επιλέγονται από το Διοικητικό Συμβούλιο του Οργανισμού με κριτήρια που αυτό καθορίζει. Χρέη Γραμματέα εκτελεί υπάλληλος Πανεπιστημιακής ή Τεχνολογικής Εκπαίδευσης του Οργανισμού, που ορίζεται με τον αναπληρωτή του από τον Πρόεδρο του Περιφερειακού Συμβουλίου.
4. Στις συνεδριάσεις του Συμβουλίου μπορεί να παρίστανται χωρίς δικαίωμα ψήφου στελέχη του Οργανισμού, αρμόδια για τον χειρισμό των συζητούμενων θεμάτων, μετά από πρόσκληση του Προέδρου, που αποχωρούν μετά την ολοκλήρωση της συζήτησης του θέματος, για το οποίο έχουν προσκληθεί και οπωσδήποτε πριν από την έναρξη της διαδικασίας για τη λήψη απόφασης. Επίσης, μπορεί να παρίστανται χωρίς δικαίωμα ψήφου ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου, ο Διευθύνων Σύμβουλος, ο Νομικός Σύμβουλος και οι Διευθυντές της Κεντρικής Υπηρεσίας. Στις συνεδριάσεις μπορεί να παρίστανται μετά από πρόσκληση του Προέδρου του Συμβουλίου ή κατόπιν αίτησης και εκπρόσωποι της αυτοδιοίκησης, του αγροτικού κόσμου και φορέων της αγροτικής οικονομίας.
5. Για τις μετακινήσεις του Προέδρου, των μελών και του Γραμματέα του ΠΕΣΥ εφαρμόζονται οι διατάξεις της υποπαραγράφου Δ9 της παραγράφου Δ΄ του ν. 4336/2015, εξαιρουμένου του περιορισμού του αριθμού των ημερών μετακινήσεων, όπως κάθε φορά ισχύουν.