1. Στον Οργανισμό λειτουργεί Επιστημονικό Συμβούλιο (ΕΣ), τετραετούς θητείας, με συμβουλευτική αρμοδιότητα επί ερευνητικών, εκπαιδευτικών και γενικότερα επιστημονικών θεμάτων ενδιαφέροντος του Οργανισμού, το οποίο αποτελείται από πέντε (5) έως επτά (7) μέλη με διεθνώς αναγνωρισμένο κύρος και εμπειρία σε ειδικότητες σχετικές με τους σκοπούς του Οργανισμού. Ο Υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ορίζει με απόφασή του τα μέλη του Επιστημονικού Συμβουλίου, μετά από πρόταση του ΔΣ. Ο Πρόεδρος του ΕΣ εκλέγεται από τα μέλη του ΕΣ. Η ιδιότητα των μελών του ΕΣ δεν είναι ασυμβίβαστη με οποιαδήποτε σχέση εργασίας ορισμένου ή αορίστου χρόνου με τον Οργανισμό.

2. Στις συμβουλευτικές αρμοδιότητες του ΕΣ ανήκει:
α) Η υποστήριξη του Διοικητικού Συμβουλίου και των Περιφερειακών Συμβουλίων του Οργανισμού στην άσκηση των αρμοδιοτήτων τους.
β) Η παρακολούθηση των ερευνητικών, αναπτυξιακών, εκπαιδευτικών και των προγραμμάτων αγροτικής κατάρτισης του Οργανισμού, η διαμόρφωση προτάσεων για το στρατηγικό σχεδιασμό του οργανισμού και της διαχείρισης του ανθρώπινου δυναμικού.
γ) Η υποστήριξη του Οργανισμού στην εκτέλεση και αποτίμηση του ερευνητικού και εκπαιδευτικού του έργου, καθώς και στη διαμόρφωση σχετικής έκθεσης προς τον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, όποτε αυτή ζητείται.
δ) Η υποστήριξη του Διοικητικού Συμβουλίου του Οργανισμού στη σύνταξη γνωμοδοτήσεων σε ειδικά ερωτήματα που υποβάλλονται από τον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ή από άλλες δημόσιες αρχές.

3. Η λειτουργία του Επιστημονικού Συμβουλίου καθορίζεται με απόφαση του ΔΣ.