1. Ο Διευθύνων Σύμβουλος επιλέγεται από το Εθνικό Μητρώο Επιτελικών Στελεχών Δημόσιας Διοίκησης που συστάθηκε με τον ν. 4369/2016 καθώς και από υποψηφίους που δεν υπηρετούν στο δημόσιο τομέα, όπως ορίζουν οι διατάξεις του άρθρου 8 του νόμου αυτού, ύστερα από δημοσίευση πρόσκλησης εκδήλωσης ενδιαφέροντος και σύμφωνα με τη διαδικασία επιλογής που περιγράφεται στις παραγράφους 2 και 3 του άρθρου 8 του ιδίου νόμου. Η θέση του Διευθύνοντος Συμβούλου είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης.

2. Η θητεία του Διευθύνοντος Συμβούλου είναι τετραετής, με δικαίωμα ανανέωσης για μία (1) φορά και για ίσο χρονικό διάστημα. Σε περίπτωση κένωσης της θέσης, παύσης των καθηκόντων του εφαρμόζονται οι διατάξεις των παραγράφων 4 και 5 του άρθρου 7 του ν. 4369/2016, όπως κάθε φορά ισχύουν.

3. Ο Διευθύνων Σύμβουλος αναλαμβάνει τις υποχρεώσεις του άρθρου 9 του ν. 4369/2016 και για την υπηρεσιακή του κατάσταση ισχύουν οι διατάξεις του άρθρου 11 του ιδίου νόμου, όπως κάθε φορά ισχύουν.

4. Ο Διευθύνων Σύμβουλος είναι το ανώτατο εκτελεστικό όργανο του Οργανισμού και έχει τις εξής αρμοδιότητες:
α) Εισηγείται στο ΔΣ του Οργανισμού προτάσεις για τον σχεδιασμό και την υλοποίηση προγραμμάτων και έργων αγροτικής έρευνας, αγροτικής εκπαίδευσης και κατάρτισης, διασφάλισης της ποιότητας και της προέλευσης αγροτικών προϊόντων και τροφίμων, που διενεργεί ο Οργανισμός σε συνεργασία με τους επικεφαλείς των κατά περίπτωση οικείων Γενικών Διευθύνσεων, εφόσον δεν προβλέπεται από τον νόμο αυτόν εισήγηση άλλου οργάνου.
β) Εκτελεί δια των οργανικών μονάδων του Οργανισμού τις αποφάσεις του ΔΣ.
γ) Είναι διοικητικός προϊστάμενος των οργανικών μονάδων του Οργανισμού.
δ) Υπογράφει όλα τα έγγραφα του Οργανισμού, τα οποία αφορούν στην εσωτερική διοικητική λειτουργία του.
ε) Φροντίζει για την κατάρτιση του προϋπολογισμού, ισολογισμού και απολογισμού του Οργανισμού.
στ) Παρακολουθεί, συντονίζει, κατευθύνει και ελέγχει το προσωπικό του Οργανισμού.
ζ) Έχει την ευθύνη για το συντονισμό των δραστηριοτήτων του Οργανισμού, σε συνεργασία με τους κατ' αντικείμενο αρμόδιους Γενικούς Διευθυντές.
η) Αποφασίζει για έκτακτα και κατεπείγοντα θέματα και υποβάλλει, εκτός ημερήσιας διάταξης, τις αποφάσεις αυτές για έγκριση στην αμέσως επόμενη συνεδρίαση του Διοικητικού Συμβουλίου.
θ) Ασκεί κάθε άλλη αρμοδιότητα που του αναθέτει ο νόμος αυτός, οι Κανονισμοί και το Δ.Σ. του Οργανισμού.

5. Ο Διευθύνων Σύμβουλος μπορεί να μεταβιβάζει αρμοδιότητές του ή το δικαίωμα υπογραφής προς τους Προϊσταμένους των οργανικών μονάδων καθώς και σε στελέχη του Οργανισμού.

6. Ο Διευθύνων Σύμβουλος όταν απουσιάζει ή κωλύεται αναπληρώνεται στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του, εκτός εκείνης της αναπλήρωσης του Προέδρου του ΔΣ, από άλλο μέλος του ΔΣ ή από Προϊστάμενο Γενικής Διεύθυνσης, που ορίζεται από το ΔΣ.

7. Στον Διευθύνοντα Σύμβουλο καταβάλλεται αμοιβή που καθορίζεται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 3 του άρθρου 22 του Ν. 4354/2015, όπως κάθε φορά ισχύουν.

8. Ο Διευθύνων Σύμβουλος για τον χρόνο της θητείας του ασφαλίζεται στον ασφαλιστικό οργανισμό κύριας και επικουρικής ασφάλισης του προσωπικού του Οργανισμού, εφόσον κατά τον ίδιο χρόνο δεν καλύπτεται αντίστοιχα από άλλη κύρια και επικουρική ασφάλιση.