1.Στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του ο Διευθυντής Ινστιτούτου του Οργανισμού επικουρείται από Επιστημονικό Συμβούλιο Ινστιτούτου (ΕΣΙ). Τα ΕΣΙ αποτελούνται από πέντε (5) έως επτά (7) μέλη (αναλόγως με τον αριθμό Ερευνητών και ΕΛΕ του Ινστιτούτου ή των Ινστιτούτων). Μέλη του ΕΣΙ μπορεί να είναι Ερευνητές ή ΕΛΕ του Ινστιτούτου βαθμίδας Α` ή Β`, οι οποίοι και αποτελούν την πλειοψηφία των μελών του ΕΣΙ. Μέλη του ΕΣΙ μπορούν επίσης να είναι και -επί τριετία τουλάχιστον - συνεργαζόμενοι Καθηγητές ΑΕΙ αντίστοιχης βαθμίδας. Τα μέλη του ΕΣΙ εκλέγονται με μυστική ψηφοφορία από το σύνολο των Ερευνητών, των ΕΛΕ και των συνεργαζόμενων Καθηγητών ΑΕΙ. Μετά τη συγκρότησή του σε σώμα, τα μέλη του ΕΣΙ εκλέγουν με μυστική ψηφοφορία τον Πρόεδρο του ΕΣΙ. Σε Ινστιτούτα με συναφές ερευνητικό αντικείμενο μπορεί με απόφαση του ΔΣ του Οργανισμού να συνιστώνται κοινά ΕΣΙ, με ανάλογη εφαρμογή των ρυθμίσεων της παραγράφου αυτής.
2. Η θητεία των μελών του ΕΣΙ είναι διετής. Ο αριθμός των μελών του ΕΣΙ, η διαδικασία εκλογής τους, ο τρόπος λειτουργίας του ΕΣΙ, οι ειδικότερες αρμοδιότητές του και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια καθορίζονται στον Εσωτερικό Κανονισμό του Οργανισμού και μέχρι την έκδοσή του με απόφαση του ΔΣ του Οργανισμού. Στο ΕΣΙ συμμετέχει, χωρίς δικαίωμα ψήφου, αιρετός εκπρόσωπος από το προσωπικό της κατηγορίας Πανεπιστημιακής και Τεχνολογικής Εκπαίδευσης που υπηρετεί στο Ινστιτούτο ή στα οικεία Ινστιτούτα σε περίπτωση κοινών ΕΣΙ. Ο τρόπος εκλογής του αιρετού εκπροσώπου ορίζεται στον Εσωτερικό Κανονισμό του Οργανισμού. Αν δεν υφίσταται σχετική πρόβλεψη, η εκλογή θα πραγματοποιείται με ευθύνη του ΔΣ.
3. Ο Διευθυντής του Ινστιτούτου ή στην περίπτωση κοινών ΕΣΙ ο Διευθυντής του Ινστιτούτου, θέματα του οποίου συζητούνται στις συνεδριάσεις του ΕΣΙ, συμμετέχει ως εισηγητής. Προτάσεις Διευθυντών Ινστιτούτων για να συζητηθούν στα ΕΣΙ εγγράφονται υποχρεωτικά στην ημερήσια διάταξη. Αν ο Διευθυντής διαφωνεί με απόφαση του ΕΣΙ, υποχρεούται να υποβάλει το θέμα στο ΔΣ του Οργανισμού για την άρση της διαφωνίας. Η απόφαση του ΔΣ λαμβάνεται αφού εκφράσουν τη γνώμη τους τόσον ο Διευθυντής του Ινστιτούτου όσον και ο Πρόεδρος του ΕΣΙ.
4. Τα ΕΣΙ συστήνονται και λειτουργούν με απόφαση του ΔΣ του Οργανισμού, σύμφωνα με τις προβλέψεις του παρόντος νόμου και του Εσωτερικού Κανονισμού. Το ΕΣΙ συνέρχεται υποχρεωτικά μια φορά το μήνα και εκτάκτως μετά από πρόταση του Διευθυντή του Ινστιτούτου, της πλειοψηφίας των μελών του ή του 1/5 του ερευνητικού προσωπικού του οικείου Ινστιτούτου.
5. Το ΕΣΙ ασκεί τις ακόλουθες αρμοδιότητες, καθώς και όσες άλλες προβλέπονται από τον παρόντα νόμο και τον Κανονισμό:
α) Επικουρεί τον Διευθυντή του Ινστιτούτου στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του.
β) Παρακολουθεί το ερευνητικό και αναπτυξιακό πρόγραμμα του Ινστιτούτου και υποβάλλει τη σχετική γνώμη και κριτική του στον Διευθυντή του Ινστιτούτου.
γ) Συμβάλλει στη διαμόρφωση της στρατηγικής, του οργανογράμματος και της πολιτικής του ανθρώπινου δυναμικού του Ινστιτούτου.
δ) Υποστηρίζει τον Διευθυντή του Ινστιτούτου στη σύνταξη γνωμοδοτήσεων σε ειδικά ερωτήματα που υποβάλλονται από το ΔΣ ή από το οικείο ΠΕΣΥ.
ε) Αποτιμά το ερευνητικό έργο του Ινστιτούτου σε σχέση με την ερευνητική και αναπτυξιακή πολιτική του Οργανισμού.
στ)Ορίζει τις επιτροπές κρίσης και τις εισηγητικές επιτροπές για την πλήρωση θέσεων Ερευνητών και Ειδικών Λειτουργικών Επιστημόνων, καθώς και για την εξέλιξή τους.
ζ) Χορηγεί σύμφωνη γνώμη για την προκήρυξη θέσεων Ερευνητών και ΕΛΕ στο Ινστιτούτο.