1. Πόροι του Οργανισμού είναι:
α) Οι κάθε είδους χρηματοδοτήσεις/επιχορηγήσεις από τον κρατικό Προϋπολογισμό και το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων, συμπεριλαμβανομένης της πλήρους μισθοδοσίας του προσωπικού.
β) Τα έσοδα του Οργανισμού που προέρχονται από την εκμετάλλευση της κινητής και ακίνητης περιουσίας του, καθώς και την αξιοποίηση της ακίνητης περιουσίας του Δημοσίου, της οποίας ο Οργανισμός έχει τη νομή και τη χρήση, κατόπιν παραχώρησης, την εκτέλεση προγραμμάτων κατάρτισης, ερευνητικών, αναπτυξιακών και αυτοχρηματοδοτούμενων προγραμμάτων, έργων και μελετών, τη διάθεση τεχνολογικών προϊόντων, τις χρηματοδοτήσεις και κάθε είδους ενισχύσεις ή επιχορηγήσεις από προγράμματα και δράσεις της ΕΕ ή άλλων διεθνών φορέων, την παροχή εξειδικευμένων υπηρεσιών στο Δημόσιο, σε νομικά πρόσωπα δημόσιου ή ιδιωτικού δικαίου και ιδιώτες, τις διαδικασίες επίβλεψης ιδιωτικών φορέων πιστοποίησης, ελέγχου και πιστοποίησης επιχειρήσεων παραγωγής αγροτικών προϊόντων και τροφίμων ή και υπηρεσιών, το τέλος χρήσης του ελληνικού σήματος στα αγροτικά προϊόντα και τρόφιμα και την ειδική εισφορά στο γάλα και στο κρέας που καταβάλλουν οι ελεγχόμενες επιχειρήσεις.
Επίσης, τα έσοδα του Οργανισμού που προέρχονται από την ειδική εισφορά που καταβάλλουν οι Γεωργικοί Σύμβουλοι (Γ.Σ.) και οι Συνεργάτες αυτών για την εγγραφή τους στα σχετικά Μητρώα που τηρεί ο Οργανισμός, καθώς και από την εισφορά που παρακρατείται από την αμοιβή που αυτοί λαμβάνουν για τις παρεχόμενες προς τους γεωργούς υπηρεσίες και προσδιορίζεται κάθε φορά με Υπουργική Απόφαση.
γ) Τα έσοδα που προέρχονται από ειδικά τέλη ή εισφορές για τα αγροτικά προϊόντα και τρόφιμα, τα οποία υπόκεινται σε διαδικασίες ελέγχου ή διαδικασίες επίβλεψης ή διαδικασίες ελέγχου και πιστοποίησης, καθώς και για διαδικασίες παροχής υπηρεσιών σύμφωνα με τις διατάξεις του παρόντος νόμου.
Το είδος και το ύψος των τελών ή εισφορών, ο τρόπος αντιστοίχησής τους με το κόστος ειδικά παρεχόμενων υπηρεσιών ελέγχου ή επίβλεψης ή ελέγχου και πιστοποίησης, των αγροτικών προϊόντων και υπηρεσιών, καθώς και η διαδικασία είσπραξής τους καθορίζονται με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.
Ειδικότερα, καταβάλλονται στον Οργανισμό:
γα) ειδική εισφορά στο κρέας, όπως αυτή προβλέπεται στο άρθρο 10 της ΚΥΑ 412/8932/2012 (ΦΕΚ 149 Β΄/ 03.02.2012).
γβ) ειδική εισφορά στο γάλα, όπως αυτή προβλέπεται από τις διατάξεις της παραγράφου 7 του άρθρου 94 του ν. 2127/1993 (ΦΕΚ Α΄ 48), όπως κάθε φορά ισχύει.
γγ) τέλος χρήσης ελληνικού σήματος στο γάλα και στα γαλακτοκομικά προϊόντα, όπως προβλέπεται στο άρθρο 187 του ν. 4072 /2012 (ΦΕΚ 6/Α’) και στο άρθρο 16, της ΚΥΑ Κ4-7838/2014 (ΦΕΚ Β΄1432).
γδ) τέλος υπηρεσιών αναγνώρισης και επίβλεψης ιδιωτικών φορέων πιστοποίησης, σύμφωνα με τα πρότυπα AGRO, όπως προβλέπεται στο άρθρο 14, της ΚΥΑ 267623/28.08.2007 (ΦΕΚ Β΄1723/2007).
γε) τέλος υπηρεσιών για την αξιολόγηση και επίβλεψη των Οργανισμών Ελέγχου και Πιστοποίησης προϊόντων βιολογικής γεωργίας, όπως προβλέπεται στην παρ.2, του άρθρου 12, της ΚΥΑ 245090/2006 (ΦΕΚ Β΄157/2006).
γστ) κόστος υπηρεσιών ελέγχου και πιστοποίησης επιχειρήσεων παραγωγής προϊόντων ΠΟΠ-ΠΓΕ, όπως προβλέπεται στο άρθρο 9 της ΚΥΑ 261611/2007 (ΦΕΚ Β΄ 406/2007).
γζ) κόστος υπηρεσιών ελέγχου και πιστοποίησης επιχειρήσεων παραγωγής προϊόντων Ειδικών Πτηνοτροφικών Εκτροφών (ΕΠΕ), όπως προβλέπεται στο άρθρο 12 της ΚΥΑ 313875/2004 (ΦΕΚ Β΄1844/2004).
γη) η ειδική εισφορά που καταβάλλουν, εφάπαξ, οι Γεωργικοί Σύμβουλοι και οι συνεργάτες αυτών για την εγγραφή τους στα Μητρώα του Οργανισμού, όπως προβλέπεται στην παρ. 5, του άρθρου 12, της ΚΥΑ 1729/37159/2013 (ΦΕΚ Β΄ 767), καθώς και η εισφορά επί της αμοιβής που λαμβάνουν για τις παρεχόμενες προς τους γεωργούς υπηρεσίες, όπως προβλέπεται στην παρ. 1, του άρθρου 55, του ν. 4235/2014 (ΦΕΚ Α΄ 32).
δ) Κάθε άλλο νόμιμο έσοδο, όπως πρόστιμα, χορηγίες, κληρονομιές, δωρεές, ενισχύσεις, κληροδοσίες και κάθε είδους εισφορές φυσικών ή νομικών προσώπων, του δημόσιου ή του ιδιωτικού τομέα, της ημεδαπής ή αλλοδαπής.

2. Οι πόροι του Οργανισμού, διατίθενται για:
α) Την κάλυψη των δαπανών μισθοδοσίας των εργαζομένων
β) Την κάλυψη των λειτουργικών του εξόδων και κεφαλαίων συντήρησης και ανάπτυξης υποδομών,
γ) Την πληρωμή των κάθε είδους δαπανών που απαιτούνται για την εκπλήρωση της αποστολής του μετά από απόφαση του Δ.Σ.
δ) Την αποπληρωμή τυχόν οφειλών του και
ε) Την προβολή και προώθηση της αποστολής του Οργανισμού μέσω χορηγιών/δωρεών σε νομικά πρόσωπα κοινωφελούς χαρακτήρα.

3.Τα έσοδα κατατίθενται σε τραπεζικούς λογαριασμούς, οι οποίοι διακινούνται με εντολές που υπογράφονται γραπτά ή ηλεκτρονικά από τα εξουσιοδοτημένα, με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου, όργανα.

4.Για την είσπραξη των εσόδων του Οργανισμού εφαρμόζονται οι διατάξεις της αριθμ. ΔΠΕΙΣ Α 1140176 ΕΞ 2012 (ΦΕΚ Β΄ 2756/11.10.2012) απόφασης του Υπουργού Οικονομικών, όπως κάθε φορά ισχύουν.

5. Ο Οργανισμός απαλλάσσεται από την καταβολή Φόρου Προστιθέμενης Αξίας (Φ.Π.Α.) για τα εισαγόμενα ερευνητικά όργανα, εξαρτήματα, πάσης φύσεως υλικά εξοπλισμού και αναλώσιμα που είναι αναγκαία για την υλοποίηση των ερευνητικών του προγραμμάτων. Ο Οργανισμός τηρεί διπλογραφικό σύστημα και συντάσσει υποχρεωτικά κάθε έτος οικονομικές καταστάσεις σύμφωνα με τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα (Ε.Γ.Π.) του ν. 4410/2016, όπως κάθε φορά ισχύει.

6.Ο Υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων μπορεί να διατάξει οποτεδήποτε έκτακτο οικονομικό έλεγχο της διαχείρισης του Οργανισμού.

7.Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, ύστερα από εισήγηση του Διοικητικού Συμβουλίου του Οργανισμού, ρυθμίζονται ζητήματα που αφορούν στην επιβολή ΦΠΑ στις υπηρεσίες και τα προϊόντα που υπάγονται στο καθ’ ύλην αντικείμενο του Οργανισμού, καθώς και κάθε άλλη αναγκαία λεπτομέρεια για την εφαρμογή του άρθρου αυτού.