1. Αποστολή του Οργανισμού, είναι η αγροτική έρευνα και η αγροτική επαγγελματική εκπαίδευση και κατάρτιση που απαιτείται για την ανάπτυξη και τον εκσυγχρονισμό του αγροτικού τομέα, καθώς και η διασφάλιση της ποιότητας των αγροτικών προϊόντων, ο έλεγχος της παραγωγής και ποιότητας, της προέλευσης και της διακίνησης των αγροτικών προϊόντων. Ειδικότερα, στην αποστολή του περιλαμβάνονται:
α) Η ολοκληρωμένη επιστημονική υποστήριξη των παραγωγών φυσικών ή νομικών προσώπων του αγροτικού τομέα.
β)Ο σχεδιασμός, η ανάπτυξη – υλοποίηση έργων, προγραμμάτων και δράσεων στον τομέα της αγροτικής έρευνας για την ανάπτυξη της καινοτομίας, την προστασία και τη βελτίωση της αγροτικής παραγωγής, την προστασία της αειφορίας των δασικών οικοσυστημάτων και της αλιείας, την ανάπτυξη της τεχνολογίας δασικών προϊόντων. Η ανάπτυξη νέων σύγχρονων παραγωγικών μεθόδων για την αναβάθμιση της ποιότητας των αγροτικών προϊόντων, τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας της αγροτικής παραγωγής, την προστασία του περιβάλλοντος και την ασφάλεια των καταναλωτών.
γ) Η οργάνωση και λειτουργία της αγροτικής επαγγελματικής εκπαίδευσης και κατάρτισης, με σκοπό την προαγωγή των επαγγελματικών γνώσεων, των ικανοτήτων και των δεξιοτήτων του ανθρώπινου δυναμικού του αγροτικού τομέα καθώς και η αξιοποίηση μέσω της εκπαίδευσης των επιστημονικών και τεχνικών πληροφοριών και δεδομένων για την εφαρμογή σύγχρονων διαδικασιών παραγωγής ανταγωνιστικών αγροτικών προϊόντων.
δ) Η προαγωγή και η διασφάλιση της ποιότητας, της προστασίας προέλευσης και της ταυτότητας των αγροτικών προϊόντων, του σχεδιασμού και της εφαρμογής συστημάτων προστασίας του περιβάλλοντος και διαχείρισης της αειφορίας των αγροτικών εκμεταλλεύσεων, η εφαρμογή σύγχρονων και καινοτόμων μεθόδων παραγωγής, η διαφοροποίηση των αγροτικών προϊόντων και των τροφίμων, καθώς και η προώθηση των διαδικασιών πιστοποίησης για την αύξηση της προστιθέμενης αξίας και την ενίσχυση της ανταγωνιστικότητας των αγροτικών προϊόντων σε όφελος του συνόλου της παραγωγικής αλυσίδας και των καταναλωτών.
ε) Η προώθηση και διάχυση νέων τεχνολογιών τόσο στην αγροτική παραγωγή όσο και στους αρμόδιους φορείς σχεδιασμού, εφαρμογής και ελέγχου, και η δημιουργία και ανάπτυξη βάσεων δεδομένων, προτύπων και άλλων σύγχρονων εργαλείων.
στ) Η διαχείριση μέτρων και δράσεων του Συστήματος Παροχής Συμβουλών σε γεωργικές εκμεταλλεύσεις.

2. Ο Οργανισμός παρέχει επιστημονικά και τεχνικά δεδομένα στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων για τον σχεδιασμό και εφαρμογή της πολιτικής σε θέματα γεωργίας, κτηνοτροφίας, δασών, αλιείας και περιβάλλοντος.

3. Ο Οργανισμός συμμετέχει σε προγράμματα, έργα και δράσεις που προωθούνται από την Ευρωπαϊκή Ένωση στους τομείς δραστηριότητας του, από κοινού με άλλους φορείς της Ευρωπαϊκής Ένωσης σε έργα, προγράμματα, δράσεις, Συμπράξεις Δημόσιου-Δημόσιου τομέα και Δημόσιου Ιδιωτικού τομέα, σε κοινές υποδομές Έρευνας του Ευρωπαϊκού Οδικού Χάρτη υποδομών (ESFRI) και άλλα εργαλεία, με ή χωρίς την οικονομική συμμετοχή της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, στο πλαίσιο εφαρμογής του Ευρωπαϊκού Χώρου Έρευνας και Τεχνολογίας και του συντονισμού των πολιτικών της Ευρωπαϊκής Ένωσης για την έρευνα, τεχνολογική ανάπτυξη και καινοτομία με αυτές των Κρατών Μελών, όπως κάθε φορά αποφασίζονται από το Συμβούλιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

4. Ο Υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων αυτοτελώς ή και από κοινού με συναρμόδιους Υπουργούς μπορεί να αναθέτει στον Οργανισμό την άσκηση κάθε συναφούς με τους σκοπούς του αρμοδιότητας καθώς και την εκτέλεση έργων και εργασιών από τα ερευνητικά Ινστιτούτα, σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 12 του ν. 4412/2016, (ΦΕΚ Α’ 147), όπως κάθε φορά ισχύει.

5. Ο Οργανισμός καταρτίζει και καταθέτει στον Υπουργό Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων κάθε τέσσερα (4) χρόνια επιχειρησιακό σχέδιο για τη διαμόρφωση και υλοποίηση της αγροτικής πολιτικής της χώρας στους τομείς της αποστολής του.