1. Όλες οι διαδικασίες ελέγχου και πιστοποίησης του παρόντος νόμου διενεργούνται από τον Οργανισμό υπό τους όρους και τις προϋποθέσεις, που καθορίζονται κάθε φορά με κοινή απόφαση του Υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και του κατά περίπτωση συναρμόδιου Υπουργού.
2. Ο Οργανισμός μπορεί να αναθέτει την εκτέλεση ελεγκτικών αρμοδιοτήτων του σε φυσικά πρόσωπα κατάλληλης ειδικότητας, τα οποία είναι εγγεγραμμένα στο μητρώο ελεγκτών-επιθεωρητών-εμπειρογνωμόνων του Οργανισμού. Με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου του Οργανισμού καθορίζεται η αμοιβή τους, ενώ για τις δαπάνες μετακίνησής τους εφαρμόζονται όσα ισχύουν για το προσωπικό του Οργανισμού.
3. Αρμοδιότητες ελέγχου και πιστοποίησης αγροτικών προϊόντων και τροφίμων, ή και υπηρεσιών, καθώς και επίβλεψης ιδιωτικών φορέων που προβλέπονται από εθνική ή ενωσιακή νομοθεσία και δεν αναφέρονται στον παρόντα νόμο, μπορούν να ανατεθούν στον Οργανισμό.